Durante el siglo XX las Escuelas Oficiales de Náutica pasan por diferentes fases hasta consolidarse como Escuelas Superiores de la Marina Civil, dependientes del Ministerio de Transportes. Su integración en las Universidades españolas se produce a partir del año 1988. En concreto, la Escuela de Cádiz pasa a integrarse orgánicamente en la Junta de Andalucía a través de la Universidad de Cádiz en 1990 ( R.D. 138/1990 de 15 de mayo), y a partir de ese momento se adscriben las asignaturas y los profesores de la Escuela Superior de la Marina Civil de Cádiz a las distintas áreas de conocimientos existentes en la UCA, excepto en el caso del área de Ciencias y Técnicas de la Navegación, Máquinas y Motores Térmicos y Teoría de la Señal y Comunicaciones, que se constituyen en un nuevo  Departamento Universitario en el año 1992. Tal situación se mantiene hasta el año 2003, cuando en Consejo de Gobierno de la Universidad de Cádiz, y a propuesta del Departamento de Ciencias y Técnicas de la Navegación, Máquinas y Motores Térmicos y Teoría de la Señal y Comunicaciones se aprueba la segregación de dicho Departamento, creándose así el actual Departamento de Máquinas y Motores Térmicos, integrado por una sola área de conocimiento, “Máquinas y Motores Térmicos”, formada por profesionales con titulación en Máquinas Navales y en Ingeniería Industrial.